بقعة با شکوه این امامزاده در ضلع جنوبی مسجد جامع شهر میانه واقع شده است.

این بارگاه در سال 923 هـ . ق شناخته شده و به ثبت رسیده است. مساحت بنای نخستین آن 30 متر مربّع و ارتفاع گنبدش شش متر بود که سطح خارجی آن را کاشی‏کاری فیروزه‏ای رنگ پوشیده بود و از سمت شمالی بقعه، دری به مسجد جامع گشوده می‏شد. از بنای اوّلیه فقط کتیبه‏ای بر بالای سردر بنای فعلی باقی مانده که تاریخ 1258 هـ . ق و اسم بانی بنا به نام «مشهدی بایرام علی بن عوض» بر روی آن حک شده است. منارة بلندی به ارتفاع 13 متر در صحن بقعه دیده می‏شود که دارای دو کتیبة سنگی است.

در پی تعمیر و نوسازی حرم مطهّر، اکثر خصوصیّات فوق به غیر از منارة بلند صحن مطهّر از بین رفت و ساختمان آن از نو به صورت جالب و با اسلوب معماری پیشرفته و آمیخته با فرهنگ و هنر اسلامی و خواسته‏های اهالی تجدید بنا شد.

در صحن بزرگ امامزاده اسماعیل، مناره‏ای به ارتفاع سیزده متر سر بر آسمان آبی افراشته است. کتیبه‏هایی که در بالای درِ راه پلّه‏ها و در ضلع شرقی نمای بیرونی آن نصب شده است، تاریخ بنای مناره را در سال 1258 هـ . ق نشان می‏دهد که ظاهراً این تاریخ، باید تاریخ تعمیر این مناره باشد زیرا این مناره به شکل آثار قرن هفتم و هشتم بیشتر شبیه است، هر چند با گچ به طور غیر اصولی آن را تعمیر نموده‏اند، امّا همچنان استوار بر جا مانده است.

بیست سال پیش، بنا، به مرمّت اساسی احتیاج داشت که با تلاش مرحوم حاج حسن کریمیان، تعمیرات لازم و کافی بر روی آن انجام گرفت. حرم امامزاده اسماعیل در طول صدها سال گذشته، پناهگاه و مایة امید اهالی بود و در روزگاری که امنیّت و آسایش کیمیا شده بود و اراذل و اوباش به شهر هجوم می‏آوردند و با اسب‏های چموش خود در کوچه پس کوچه‏های آن می‏تاختند و اموال و احشام و نوامیس مردم را به غارت می‏بردند، حرم امامزاده اسماعیل تنها پناهگاه مردم شهر میانه بود. زنان و خردسالان با چشمان اشک‏آلود اطراف حرم و صحن را پُر می‏کردند و برای رفع ظلم و تجاوز از خدا یاری می‏جستند. هنوز افرادی هستند که این پناه‏جویی خالصانه را در زمان اشغال متّفقین، بمباران شهر و قائلة حزب توده به یاد دارند.

بقعة فعلی، در وسط صحن بزرگ به مساحت تقریبی سه هزار متر مربّع قرار دارد. مساحت حرم و مسجد جامع و حسینیة خواهران جمعاً 1780 متر مربّع است که با حساب طبقات فوقانی، که جهت کارهای دفتری انجام می‏شود، به بیش از دو هزار متر مربّع می‏رسد. در ضلع جنوبی حرم، مسجد جامع و ابتدای آن یک ایوان با شکوه با دو منارة بلند 10 متری است که از آن به عنوان یکی از مدخل‏های اصلی حرم استفاده می‏شود. در همان ضلع، سرویس‏های بهداشتی بسیار بزرگ با گنبد پیازی شکل و با کاشی‏های کوچک حمّامی تزیین شده که صورت زیبایی به آن داده است. مدخل اصلی حرم در جهت شمال باز می‏شود که با دو منارة کوچک 20/1 سانتی‏متری جلوه گر است. پس از ورود از در اصلی حرم که مدفن یک تن از بزرگان شهر میانه است، به داخل حرم راه وارد می‌شویم و با ضریح مطلّا و سقف و دیوار آیینه کاری شدة امامزاده اسماعیل روبرو خواهیم شد. این روضه دارای چهار در از چهار جهت می‌باشد که به مسجد جامع، حسینیة خواهران، ورودی برادران و خواهران باز می‏گردد.

بر فراز بقعه، گنبدی مرتفع و به شکل کلاه‏خود بر ساقه‏ای دو متری واقع شده که ارتفاع آن بیش از 10 متر و قطر آن هشت متر می‏باشد و با ورق برنجی مزیّن گردیده و شکوه و عظمتی به بنا داده است.

بنای امامزاده اسماعیل به شمارة 871 در تاریخ 28/5/1348 به ثبت آثار ملّی و تاریخی رسیده است.

آیت اللَّه حاج شیخ علی کتانی میانجی که قبرش در ایوان حرم است و یکی از عالمان پرهیزکار و نوابغ روزگار بود، می‏گوید:

«حضرت امامزاده اسماعیل از جمله سیّدانی است که در عصر سلطة خلفای بنی عبّاسی، به طور مخفیانه از حجاز و عراق وارد سرزمین ایران شده‏اند، و این سیّد بزرگوار نیز با مشیّت حضرت باری تعالی در شهرستان میانه بار اقامت گشوده و سکنی گزیده است. بعد از چند ماه، به علّت یک بیماری همانند اجداد گرامی‏اش در دیار غربت، بر مقدّرات حق تسلیم و جان عاریت به خالق جان آفرین تقدیم نموده است. و بعد از گذشت چند صد سال از رحلتش، در تاریخ 923 هـ . ق توسّط خود حضرت امامزاده اسماعیل در عالم رؤیا، یک نفر از مؤمنین این شهرستان خواب‏نما گردیده، علّت وفات و محلّ دفنش را اعلام می‏فرمایند، که بعد از این خواب عدّه‏ای اقدام به حفّاری می‏نمایند و قبر شریف کشف می‏گردد، که لوح مزار مبارک هم اکنون در این بارگاه موجود می‏باشد. در حال حاضر، این صحن و سرا و حرم با صفا به برکت وجود این سیّد والا نسب، صدها سال است قبلة اهل دل و پناهگاه درماندگان بوده و هست و هر کس به امیدی با خلوص نیّت در این بارگاه دست نیاز به در گاه خالق بی نیاز باز کرده و این بزرگوار را واسطه قرار داده و با عنایت حق به خواستة خود رسیده است...».

اهالی، نام امامزاده و نسب وی را بر اساس کتیبه سنگ مکشوفه، سیّد اسماعیل بن محمّد بن امام جعفر صادق  ملقّب به کمال الدّین می‏دانند. این در حالی است که سیّد محمّد دیباج فرزندی به نام اسماعیل نداشت و بر فرض صحّت انتساب، هیچ دلیلی بر سکونت وی و مهاجرتش به میانه در دست نیست. همچنین متولّیان می‏گویند: از دیر باز معروف بود که پدر بزرگوار این امامزاده در روستای کندوان شهر ترک آرمیده و آرامگاهی هم اکنون به او منسوب است. چنان که خفته در مزار کندوان بدون شک، ابو جعفر محمّد بن علی بن حسین بن علی الخارض بن محمّد الدیباج بن امام جعفر صادق  است، بنابراین امامزاده اسماعیل میانه باید فرزند او باشد.

علّامه مروزی، محمّد را ملقّب به اطروش می‏داند و می‏گوید: او دارای هشت فرزند معقّب بود که در اهواز، قزوین، بغداد، قم، مراغه، مرو و موصل سکنی داشته‏اند. چنان که در گذشته میانه جزء مراغة بزرگ بود، بنابراین سیّد محمّد کندوان همین سیّد ابو جعفر محمّد اطروش است که با چهار واسطه به امام جعفر صادق  می‏رسد، و از نسل همان محمّد دیباج است. بدون شک، او فرزندی به نام اسماعیل داشت.

ابن طقطقی، سه تن از فرزندان محمّد ابوجعفر را نام می‏برد و می‏نویسد: «موسی، حمزه و حسین از جمله فرزندان معقّب وی هستند». و هیچ اشاره‏ای به اسماعیل ندارد. ظاهراً چون اسماعیل بلا عقب بود، علمای انساب ذکری در کتبشان ننموده‏اند. به هر حال، وی از جمله همراهان سیّد موسی جمال است که در سال 432 هـ . ق بر علیه خلیفه عبّاسی قیام نمود و آذربایجان را تصرف کرد و سپس به شهادت رسید. امامزاده اسماعیل نیز پس از شکست قیام، به میانه رفت و در این شهر وفات یافت و به احتمال قوی، این حادثه در ثلث آخر قرن پنج اتّفاق افتاده است.

برخی احتمال می‏دهند که خفته در این مزار، علم الدّین ابو ابراهیم اسماعیل بن علی ابی عبداللَّه ابن اقساسی علوی باشد که ابن فوطی شرح حالش را در کتاب مجمع الآداب اشاره نمود و از آن به فقیه یاد کرده است. او وارد مراغه شد و در ربیع الآخر سال 675 هـ . ق وارد رصدخانه شد و دانا به احوال و زندگانی علمای بغداد بود. او از فقهای بنام و از دانشمندان اهل بیت در قرن هفتم به شمار می‏آمد. نجم الدّین ابی القاسم جعفر بن سعید حلّی از وی استفاده‏ها برده و اشعاری در مدحش سروده است.